Archivo: incluye las opciones típicas de gestión de archivos (Nuevo, Abrir, Guardar, Guardar Como, Cerrar ), así como opciones de gestión de proyectos (Proyecto Nuevo, Abrir proyecto, Cerrar proyecto, Guardar proyecto, Importar proyecto). Un proyecto permite organizar los diversos archivos de una aplicación en una sola entidad, para una mejor gestión de la misma.

En este menú también están las opciones de impresión (Imprimir, Vista previa de impresión).

Editar: con las opciones de Cortar, Copiar, Pegar y Borrar, así como las de Deshacer y Rehacer.

También incluye varios submenús para facilitar la edición de texto al programar. Desde opciones de búsqueda y reemplazo (opción Buscar), opciones de conversión de caracteres (opción Transformar), opciones de selección de texto (opción Seleccionar), múltiples opciones de inserción de texto orientadas a la programación en lenguaje C (opción Insertar texto), opciones de comentar bloques de código fuente (opción Comentar código), así como opciones para ir rápidamente a diversos sitios del documento (opción Ir a).

Ver: permite mostrar y ocultar las diversas barras de herramientas y ventanas de la aplicación, así como algunas características del editor (números de línea, márgenes, etc.)

Proyecto: opciones para gestionar los proyectos, tales como añadir y quitar archivos del proyecto, o editar la configuración del proyecto. Desde aquí también se invoca al editor GUI para crear la interfaz gráfica de la aplicación(opción Editar GUI de la aplicación, necesita tener Glade instalado).

Formato: opciones de formateo del texto, permitiendo el resaltado sintáctico, así como desplegar y replegar trozos de código.

Construir : opciones de compilación y de construcción del código de la aplicación.

Marcador: permite insertar marcadores en el código y desplazarse por ellos.

Depurador: opciones de depuración del código. Permite insertar puntos de ruptura y una ejecución controlada, así como evaluar e inspeccionar variables.

CVS: opciones para trabajar sobre un repositorio CVS (Sistema de Control de Versiones), lo que permite controlar los cambios que se realicen sobre el código.

Opciones: opciones para establecer las preferencias de un montón de características de la aplicación, desde opciones del compilador y enlazador hasta las opciones del editor y las preferencias generales de la aplicación.

Ayuda: permite acceder a la ayuda en línea (Manual de Anjuta), a un tutorial (Cursillo de Anjuta), a la página web del proyecto, así como a fuentes relacionadas, tales como páginas del API de Gnome, páginas de Man y páginas de Info.

Barra principal: funciones de archivos y de edición de textos.

Barra de Navegación: navegación por los marcadores y etiquetas de función.

Barra extendida: funciones del proyecto y de compilación, construcción y ejecución.

Barra de depuración: controles para el Depurador de código.

Barra de formato: funciones para dar formato al texto y al código.

Ventana de edición

Esta ventana es la ubicada en la zona derecha y en ella están los documentos abiertos con los que se trabaja. Puede haber muchos documentos abiertos, pero únicamente hay uno activo en un momento dado. Todos los ordenes y acciones se aplicarán sobre dicho documento. Se puede cambiar de documento haciendo clic en la pestaña de la página. También se puede seleccionar un documento haciendo clic derecho sobre cualquier pestaña y seleccionando el documento de la lista que aparece.

Ventana de proyecto

Esta ventana es la ubicada en la zona izquierda. Muestra un árbol con los archivos de código fuente que contiene el proyecto. Posee en la parte inferior varias pestañas para ver diversas vistas del proyecto (Proyecto: muestra el código fuente, Archivos: Muestra todos los archivos de la carpeta, y Símbolos)

Ventana de mensajes

Ubicada en la zona inferior de la ventana. Muestra todos los mensajes tanto de la salida estándar (stdout) como de la salida estándar de error (stderr) cuando se ejecuta una orden externa. La Ventana de mensajes está habitualmente oculta y se muestra cuando se ejecuta una orden externa.

Los colores con que se muestran los mensajes son relevantes. Los de color negro son mensajes normales informativos. Los de color azul son mensajes importantes como avisos (Warnings) y mensajes de error. Los mensajes de color rojo indica que están enlazados, es decir, haciendo doble-clic sobre un mensaje de color rojo llevará el cursor al archivo y la línea que se especifica en el mensaje.

Además, la ventana de mensajes tiene múltiples pestañas donde se va mostrando información según las acciones que se estén llevando a cabo, incluyendo las salidas estándar y ventanas de depuración.