gFTP posee un archivo de marcadores que funciona de manera análoga a los marcadores de un navegador web. gFTP trae ya diversos sitios FTP conocidos.
Para conectarse a un sitio del que tengamos un marcador, no hay más que seleccionar el marcador en el menú . Si gFTP no posee una contraseña para el sitio al que intenta conectarse, se preguntará al usuario que la introduzca.
Para añadir un nuevo marcador del sitio al que se está conectado, seleccionar la opción de menú . Se pedirá un nombre para el marcador. A partir de ese momento estará disponible en el menú .
Seleccionando la opción de menú , se muestra una ventana desde la que se pueden gestionar los marcadores, crear un nuevo marcador, eliminarlos o cambiarlos de sitio. Para ello, hacer clic derecho. Se muestra un menú contextual con las opciones correspondientes: Carpeta nueva, Elemento nuevo, Borrar, Propiedades.
También se puede arrastrar con el ratón un marcador para cambiarlo de ubicación dentro del árbol de marcadores.
Al seleccionar la opción Propiedades, se muestra una nueva ventana con múltiples pestañas donde modificar las propiedades del marcador y las preferencias de la conexión.