La aplicación Dia puede ser modificada, permitiendo adaptarse a las necesidades del usuario. Para cambiar la configuración, seleccionar en el menú principal. Aparece el cuadro de diálogo de configuración con las siguientes pestañas:
Interfaz de usuario: permite configurar algunos aspectos de la interfaz de usuario, como la localización de la barra de herramientas, la compresión de archivos, el funcionamiento del arrastre inverso, ...
Diagrama por defecto: establece las características para los nuevos diagramas, como la orientación, tamaño, color de fondo, funcionamiento del zoom,...
Ver opciones por defecto: establece si las líneas que dividen las páginas son visibles y con qué color.
Línea de cuadrícula: establece las características de la rejilla a utilizar.
Árbol del diagrama: permite guardar los tipos de objetos ocultos.
Después de realizar los cambios, pulsar en para que los cambios sean aplicados y cerrar el cuadro de diálogo de preferencias. Para cancelar los cambios y dejar los valores predeterminados hacer clic en el botón .
Otra forma de establecer algunas propiedades de un diagrama concreto es desde la opción Diagrama del menú contextual. Para ello hay que situarse sobre el área de trabajo, pulsar el botón derecho del ratón y seleccionar . El cuadro de diálogo que se abre permite modificar las características de la rejilla y los colores.